masthead

FoundationOne we wszystkich guzach litych

FoundationOne w guzach litych

FoundationOne jest kompleksową i zwalidowaną techniką profilowania ponad 99% regionu kodującego 315 genów związanych z powstawaniem i rozwojem nowotworów oraz wybranych intronów z 28 genów, które często ulegają zmianom w guzach litych. FoundationOne identyfikuje cztery klasy zmian genomowych – substytucje zasad, insercje i delecje, zmianę liczby kopii i rearanżacje.  315 genów i 28 intronów zostało wybranych przez FoundationOne do badania na podstawie najaktualniejszej naukowej i klinicznej wiedzy jako geny, które ulegają zmianom w guzach litych.1 FoundationOne identyfikuje także gęstość mutacji (tumour mutational burden, TMB) i niestabilność mikrosatelitarną (microsatellite instability,MSI),2,3 bez dodatkowych badań, kosztów i czasu.

Jak dotąd ponad 150000 pacjentów miało wykonane profilowanie FoundationOne.4 Jest to test sekwencjonowania nowej generacji (next generation sequencing, NGS) recenzowany w Nature Biotechnology.Dane z sekwencjonowania wzbogacają rozwój FoundationCORE – bazę danych zmian genomowych wykrytych przez Foundation Medicine.6 Foundation Medicine współpracuje ściśle ze światowej sławy firmami farmaceutycznymi, co umożliwia powstawanie nowych terapii celowanych. Foundation Medicine może dopasować coraz więcej leków do wykrytych zmian genomowych w najbardziej nowoczesny sposób.

Czy FoundationOne jest odpowiednie dla wszystkich typów nowotworów?

FoundationOne jest badaniem profilowania w guzach litych, włącznie z głównymi typami nowotworów, nowotworami rzadkimi oraz nowotworami o nieznanym miejscu powstania zarówno w chorobie nawrotowej jaki i przerzutowej. FoundationOne jest użyteczne także u pacjentów, u których tradycyjne metody diagnostyczne i standardowe opcje terapeutyczne zostały już wykorzystane.1,7

Badanie może być wykorzystane jako uzupełnienie rutynowej diagnostyki w sytuacjach, kiedy jest możliwe wiele opcji terapeutycznych i należy wybrać najodpowiedniejszą lub w przypadku rzadkich nowotworów albo rzadkich zmian genomowych.8-10

Znaczenie kliniczne profilowania genomowego w guzach litych

Nieustannie trwają badania nad identyfikacją genów, które są odpowiedzialne za powstanie nowotworów (onkogeny). Zwiększa to liczbę celów molekularnych dla terapii, co z kolei zwiększa liczbę leków celowanych wykorzystywanych w leczeniu nowotworów litych. Ponieważ wzrasta ilość genów odpowiedzialnych za powstanie nowotworów wzrasta również liczba celów dla specyficznych terapii.5,10,11

W trakcie badania oprócz zmian genomowych są też opracowane inne biomarkery takie jak gęstość mutacji (TMB) oraz niestabilność mikrosatelitarna (MSI), które mogą pomóc w podejmowaniu decyzji terapeutycznych. Kompleksowa analiza wykonywana w trakcie badania FoundationOne jest niezbędna aby wykryć zmiany genomowe, które są nieznane przed wykonaniem badania.2,3,5

Wykonanie testu molekularnego celowanego na daną zmianę działa dobrze jeśli wiemy jakiej zmiany poszukujemy przed badaniem. Jakkolwiek trudno jest określić, które zmiany genomowe będą najbardziej istotne klinicznie w guzach litych. W związku z tym, tego typu testy mogą nie zidentyfikować zmian genomowych, których wykrycie mogłoby mieć wpływ na wybór najbardziej efektywnego leczenia.8,12-15
Referencje
  1. FoundationOne technical information.
  2. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
  3. Chalmers Z.R et al. Genome Med 2017; 9:34.
  4. Genomeweb. Foundation Medicine Q3 revenues up 45 percent. Available at: https://www.genomeweb.com/molecular-diagnostics/foundation-medicine-q3-revenues-45-percent [accessed November 2017].
  5. Frampton, G.M. et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
  6. Foundation Medicine. FoundationCORE press release, June 2016.
  7. Schwaederle M et al. Mol Cancer Ther 2015; 14:1488–1494.
  8. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 16:3631–3639.
  9. Ross JS et al. Cancer 2016; 17:2654–2562.
  10. Hirsch FR et al. Lancet 2016; 388:1012–1024.
  11. Aitken M et al. Global Oncology Trend Report 2015. Available at: http://keionline.org/sites/default/files/IIHI_Oncology_Trend_Report_2015.pdf (accessed November 2017).
  12. Aitken M et al. Global Oncology Trend Report 2015. Available at: http://keionline.org/sites/default/files/IIHI_Oncology_Trend_Report_2015.pdf (accessed November 2017).
  13. Bishop R. Bioscience Horizons 2010; 1:85–95.
  14. Chen AY-Y and Chen A. J Invest Dermatol 2013; 133:e8.
  15. Angulo B et al. PLoS One 2012; 8:e43842.
  16. Pao W and Girard N. Lancet Oncol 2011; 12:175–180.
  17. Jordan EJ et al. Cancer Discov 2017; 6:596–609.
  18. Ali SM et al. Oncologist 2016; 6:762–670.
  19. Suh JH et al. The Oncologist 2016; 21:684–691.
  20. National Comprehensive Cancer Network (NCCN) NSCLC guidelines, Version 9, 2017.
  21. Dillon JL et al. The Breast 2016; 29:202–207.
  22. Stephens P.J et al. Nature 2012; 7403:400–404.
  23. Eralp Y. Tranl Oncogenomics 2016; 8:1–7.
  24. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2016; 22:3281–3285.
  25. Chmielecki J et al. Oncologist 2015; 20:7–12.
  26. Yuan Y et al. Oncotarget 2012: doi: 10.18632/oncotarget.14476.
  27. Roche Foundation Medicine data on file.
  28. Masucci GV et al. Int J Immunother Cancer Res 2016; 4:16.
  29. National Cancer Institute (NIH). NCI dictionary of cancer terms. Available at: https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms?cdrid=285933 [accessed November 2017].
  30. Sinicrope FA. Nat Rev Clin Oncol 2010; 7:174–177.
  31. The Cancer Genome Atlas Network, Nature 2012; 487:330–337.