Jak FoundationOne może pomóc lekarzom w wyborze odpowiednich terapii lub badań klinicznych dla ich pacjentów, które potencjalnie mogą poprawić wyniki leczenia.
Strategie leczenia oparte na biomarkerach molekularnych wiążą się z poprawą wyników leczenia
W wielu meta-analizach wyniki terapii dopasowanych na podstawie biomarkerów molekularnych pokazują znaczącą poprawę w zakresie odsteka odpowiedzi (response rate, RR), czasu wolnego od progresji (progression free survival, PFS) i przeżycia całkowitego (overall survival, OS) w porównaniu do terapii niedopasowanych na podstawie biomarkerów molekularnych.5-7Zastosowanie spersonalizowanej strategii leczenia opartej na biomarkerach molekularnych zostało również uznane za niezależny czynnik predykcyjny osiągnięcia lepszych wyników leczenia i zmniejszający śmiertelność z powodu toksyczności w porównaniu z rutynowym, niespersonalizowanym podejściem do terapii.5
Zastosowanie terapii celowanych poprawia wyniki leczenia 5-7
FoundationOne może wykryć klinicznie istotne zmiany genomowe u większości pacjentów w wielu nowotworach
Profilowanie genomowe FoundationOne może stworzyć nowe możliwości leczenia pacjentów dzięki identyfikacji klinicznie istotnych zmian genomowych w tkance nowotworowej. Wykorzystując technikę hybrid capture w sekwencjonowaniu nowej generacji (next generation sequencing, NGS) profilowanie FoundationOne analizuje całe egzomy (regiony kodujące DNA) w 315 genach związanych z powstawaniem i rozwojem nowotworów co oznacza, że nawet rzadkie mutacje mogą zostać wykryte.9,12
W badaniu obejmującym 31 pacjentów z rakiem gruczołowym płuca udowodniono, że profilowanie genomowe FoundationOne jest bardziej kompleksową i skuteczną strategią diagnostyczną w porównaniu do metod diagnostycznymi nie będących NGS.10
Poprawa wykrywalności zmian została również potwierdzona w badaniu obejmującym 5 605 przypadków zaawansowanego i przerzutowego raka piersi. Wykorzystano FoundationOne aby ocenić częstość występowania zmian genomowych w genie ERBB2 związanym z powstaniem raka piersi. Wykryto, że 12,5% pacjentów (698/5 605) posiada zmiany w obrębie genu ERBB2, przy czym 1,8 % pacjentów posiada taki typ zmian genomowych, które mogą być niewykryte przez standardowe metody diagnostyczne.13
Do większości zmian genomowych wykrytych przez FoundationOne można dopasować terapie: zarówno zarejestrowane jak i eksperymentalne w badaniach klinicznych.
W retrospektywnej analizie u każdego z 439 pcjentów, u którego wykonano profilowanie tkanki nowotworowej FoundationOne zidentyfikowano przynajmniej 1 zmianę genomową podlegającą postępowaniu terapeutycznemu. Średnia liczba zmian przypadająca na pacjenta wynosiła 3 (zakres od 0 do 16) przy czym średnio 2 zmiany (zakres od 0 do 8) były potencjalnie podlegające leczeniu zarówno terapiami zarejestowanymi jak i eksperymentalnymi. 59% pacjentów (257/439) miało chorobę przerzutową. W 70% przypadków (307/439) wykryte zmiany mogły być leczone terapiami celowanymi zarejestrowanymi: 20% (89/439) we wskazaniach w danym typie nowotworu i 67% (296/439) we wskazaniach innych niż dany typ nowotworu. Dla wszystkich pacjentów z przynajmniej 1 zmianą (90% ; 393/439) było dostępne leczenie w badaniach klinicznych.4
FoundationOne może zidentyfikować klinicznie istotne zmiany genomowe dostraczając wiedzy dla pacjentów z ograniczonymi możliwościami leczenia z powodu nieznanego miejsca pochodzenia nowotworu (cancers of unknown primary origin, CUP).
Obecnie, możliwości leczenia nowotworów o nieznanym miejscu wyjścia (CUP) są ograniczone. Z reguły, odpowiedź na leczenie tych chorych chemioterapią jest słaba.
Aby zidentyfikować potencjalnie klinicznie istotne zmiany genomowe 200 pacjentów z CUP poddano profilowaniu FoundationOne. 85 % pacjentów (169/200) miało przynajmniej 1 klinicznie istotną zmianę co mogło ułatwić podjęcie decyzji terapeutycznych. Dodatkowo, w badaniu zidentyfikowano 26 zmian genomowych związanych z terapiami celowanymi zarejestrowanymi we wskazaniu ze znanym miejscem powstania pierwotnego ogniska nowotworu.14
Profilowanie FoundationOne może mieć wpływ na podejmowanie decyzji terapetycznych
W kilku badaniach wykazano, że profilowanie genomowe FoundationOne ułatwia podejmowanie decyzji klinicznych i specyficzne podejście w planowaniu strategii leczenia.15-17
RAK PIERSI
Prospektywne badanie przeprowadzone wśród chorych na zaawansowanego raka piersi wykazało, że u 41% pacjentów (34/83) na podstawie wyniku profilowania genomowego zarekomendowano zmianę terapii.15
RAK PŁUCA
Prospektywne badanie obejmujące 101 pacjentów chorych na zaawansowanego raka płuca wykazało, że u 44% (34/77) pacjentów, u których wykonano profilowanie FoundationOne zmieniono leczenie na podstawie wyniku profilowania.16
NOWOTWORY RZADKIE
W prospektywnym badaniu klinicznym z udziałem 100 pacjentów z różnymi, rzadkimi lub słabo prognozującymi nowotworami przeprowadzono profilowanie genomowe FoundationOne u 92 chorych. Dla 95 % pacjentów ( 87/92) zarekomendowano terapię lub udział w badaniach klinicznych.17
Dowody z badań klinicznych wspierające wykorzystanie profilowania genomowego FoundationOne
Trwają prace nad ustaleniem znaczenia technik profilowania genomowego w klinice leczenia chorób nowotworowych a tym samym życia chorych. Udowodniono, że podejmowanie decyzji terapeutycznych na podstawie profilowania genomowego z wykorzystaniem FoundationOne poprawia wyniki leczenia w porównaniu z wynikami leczenia terapiami niespersonalizowanymi i nie opartymi na celach molekularnych. 5,15-17
Spersonalizowane podejście do terapii z wykorzystaniem FoundationOne oferuje pacjentom więcej możliwości leczenia potencjalnie poprawiając wyniki w porównaniu z tradycyjnym podejściem do terapii.
W badaniu z wykorzystaniem profilowania FoundationOne u 339 pacjentów z różnymi typami nowotworów wykazano, że 93,5% chorych miało przynajmniej 1 zmianę podlegającą leczeniu (317/339). Dokonując wyliczenia tzw. współczynnika dopasowania opartego o liczbę leków dopasowanych do odpowiednich zmian i liczbę zmian genomowych na pacjenta wykazano, że wyższy współczynnik dopasowania był powiązany z większą częstością stabilizacji choroby (22% vs. 9%; p=0.024), dłuższym czasem do niepowodzenia leczenia (HR=0.52; p=0.0003) i dłuższym przeżyciem (HR=0.65, p=0.05), w porównaniu do niższego współczynnika dopasowania. Potrzebne są dalsze badania aby ocenić współzależność tych czyników.18
Terapie celowane dopasowane na podstawie FoundationOne mogą poprawić przeżycie wolne od progresji w porównaniu z terapiami niecelowanymi.
W badaniu retrospektywnym z udziałem 347 pacjentów z zaawansowanymi nowotworami litymi, u których wykonano profilowanie FoundationOne wykazano, że chorzy, którzy otrzymywali terapię celowaną osiągnęli znacząco wyższe wskaźniki odpowedzi na leczenie (RR) i czasu wolnego od progresji (PFS) w porównaniu z pacjentami, którzy nie otrzymali leczenia celowanego.19
Te wyniki są zbieżne z wynikami z innych badań, które porównują wpływ terapii celowanych dopasowanych na podstawie profilowania FoundationOne w wielu różnych typach nowotworów:
Zaawansowany rak płuca
W badaniu w zaawansowanym raku płuca wykazano, że u 44.2 % (34/77) pacjentów, u których zmieniono terapię na podstawie profilowania FoundationOne całkowity współczynik odpowiedzi (ORR) dla ich nowych, dopasowanych terapii wynosił ponad 51,5% (1 pacjent został wykluczony z kalkulacji ORR).16
Rozsiany rak piersi
Profilowanie FoundationOne wykonane u 44 pacjentów z przerzutowym rakiem piersi wykazało u 23 chorych klinicznie istotne zmiany genomowe. W konsekwencji 35 % pacjentów osiągnęło kliniczne korzyści z zainicjowanego leczenia celowanego.20
Zaawansowany rak przewodu pokarmowego
Terapia celowana została zastosowana u 13,7% (13/95) pacjentów z zaawansowanym nowotworem przewodu pokarmowego na podstawie profilowania FoundationOne. Ponad 50 % (7/13) pacjentów odniosło korzyść kliniczną.21
Nowotwory narządów kobiecych
Spośród 64 pacjentek z rzadkimi lub nawrotowymi nowotworami ginekologicznymi, które miały wykonane profilowanie FoundationOne 25 otrzymało terapię celowaną na podstawie wyniku profilowania. 64% (16/25) pacjentek uzyskało odpowiedź na leczenie, stabilizację choroby lub inne kliniczne korzyści.3
Powyższe badania wykazują potencjał kompleksowego profilowania genomowego w różnych typach guzów litych. Obecnie trwa wiele prac aby zwalidować powyższe dane. Nowe badania i dalsza analiza już istniejących danych umożliwia nam ciągłe udoskonalanie wiedzy o korzyściach klinicznych terapii wybranych na podstawie wyników profilowania genomowego.
Referencje
- Genomeweb. Foundation Medicine Q3 revenues up 45 percent. Available at: https://www.genomeweb.com/molecular-diagnostics/foundation-medicine-q3-revenues-45-percent [accessed November 2017].
- Blumenthal DT et al. J Neurooncol 2016; 1:211–219.
- Rodriguez-Rodriguez L et al. Gynecol Oncol 2016; 141:2–9.
- Schwaederle M et al. Mol Cancer Ther 2015; 14:1488–1494.
- Schwaederle M et al. J Clin Oncol 2015; 33:3817–3825.
- Schwaederle M et al. JAMA Oncol 2016; 2:1452–1459.
- Jardim DL et al. J Natl Cancer Inst 2015; 107:e253.
- National Comprehensive Cancer Network (NCCN) NSCLC guidelines, Version 9, 2017.
- Frampton, GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
- Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 16:3631–3639.
- Suh JH et al. Oncologist 2016; 21:684–691.
- FoundationOne technical information.
- Ross JS et al. Cancer 2016; 17:2654–2562.
- Ross JS et al. JAMA Oncol 2015; 1:40–49.
- Reinbolt RE et al. J Clin Oncol 2016; 34 (and supplementary material).
- Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
- Hirshfield KM et al. Oncologist 2016; 21:1315–1325.
- Wheler JJ et al. Cancer Res 2016; 76:3690–3701.
- Schwaederle M et al. Mol Cancer Ther 2016; 15:743–752.
- Yuan Y et al. Oncotarget 2017; 8:26414–26423.
- Dhir M et al. Cancer Med 2017; 1:195–206.