FoundationOne® może pomóc lekarzom w wyborze najbardziej skutecznej terapii dla pacjentów.
Badanie FoundationOne zostało wykonane u ponad 150 000 pacjentów.1 Większość pacjentów (~90%) miała wykrytą przynajmniej 1 klinicznie istotną zmianę genomową.2-4 Liczne prace wskazują, że zastosowane terapii, dopasowanych do wykrytych zmian genomowych znacząco poprawia wyniki leczenia w porównaniu do leczenia niecelowanego, nie dobranego na podstawie biomarkerów.5-7
Kompleksowe profilowanie genomowe zyskuje coraz większe uznanie jako skuteczne badanie identyfikujące zarówno powszechne, często występujące, jak i rzadkie mutacje związane z powstaniem chorób nowotworowych, dzięki czemu mogą być zastosowane odpowiednio do nich dopasowane terapie celowane.8-10
Kompleksowe profilowanie genomowe takie jak FoundationOne może zidentyfikować zmiany genomowe we wszystkich genach wymienionych i zarekomendowanych przez National Comprehensive Cancer Network (NCCN).8
Na przykład, 71% zmian genomowych zidentyfikowanych w próbkach niedrobnokomórkowego raku płuca (NSCLC) z wykorzystaniem badania FoundationOne było zmianami kierującymi wymienionymi z zaleceniach NCCN.11
Te zmiany mogłyby zostać niewykryte przez tradycyjne testy diagnostyczne i dlatego obecnie w diagnostyce i leczeniu niedrobnokomórkowego raka płuca (NSCLC) kompleksowe profilowanie molekularne jest szczególnie rekomendowane przez zalecenia NCCN.11
,,Panel NCCN mocno doradza kompleksowe profilowanie molekularne (określane także jako medycyna precyzyjna) do identyfikowania rzadkich mutacji, aby upewnić się, że pacjenci otrzymują najbardziej właściwe leczenie’’ 8
Strategie leczenia oparte na biomarkerach molekularnych wiążą się z poprawą wyników leczenia
W wielu meta-analizach wyniki terapii dopasowanych na podstawie biomarkerów molekularnych pokazują znaczącą poprawę w zakresie odsteka odpowiedzi (response rate, RR), czasu wolnego od progresji (progression free survival, PFS) i przeżycia całkowitego (overall survival, OS) w porównaniu do terapii niedopasowanych na podstawie biomarkerów molekularnych.5-7Zastosowanie spersonalizowanej strategii leczenia opartej na biomarkerach molekularnych zostało również uznane za niezależny czynnik predykcyjny osiągnięcia lepszych wyników leczenia i zmniejszający śmiertelność z powodu toksyczności w porównaniu z rutynowym, niespersonalizowanym podejściem do terapii.5



FoundationOne może wykryć klinicznie istotne zmiany genomowe u większości pacjentów w wielu nowotworach
Profilowanie genomowe FoundationOne może stworzyć nowe możliwości leczenia pacjentów dzięki identyfikacji klinicznie istotnych zmian genomowych w tkance nowotworowej. Wykorzystując technikę hybrid capture w sekwencjonowaniu nowej generacji (next generation sequencing, NGS) profilowanie FoundationOne analizuje całe egzomy (regiony kodujące DNA) w 315 genach związanych z powstawaniem i rozwojem nowotworów co oznacza, że nawet rzadkie mutacje mogą zostać wykryte.9,12
W badaniu obejmującym 31 pacjentów z rakiem gruczołowym płuca udowodniono, że profilowanie genomowe FoundationOne jest bardziej kompleksową i skuteczną strategią diagnostyczną w porównaniu do metod diagnostycznymi nie będących NGS.10
Poprawa wykrywalności zmian została również potwierdzona w badaniu obejmującym 5 605 przypadków zaawansowanego i przerzutowego raka piersi. Wykorzystano FoundationOne aby ocenić częstość występowania zmian genomowych w genie ERBB2 związanym z powstaniem raka piersi. Wykryto, że 12,5% pacjentów (698/5 605) posiada zmiany w obrębie genu ERBB2, przy czym 1,8 % pacjentów posiada taki typ zmian genomowych, które mogą być niewykryte przez standardowe metody diagnostyczne.13
W retrospektywnej analizie u każdego z 439 pcjentów, u którego wykonano profilowanie tkanki nowotworowej FoundationOne zidentyfikowano przynajmniej 1 zmianę genomową podlegającą postępowaniu terapeutycznemu. Średnia liczba zmian przypadająca na pacjenta wynosiła 3 (zakres od 0 do 16) przy czym średnio 2 zmiany (zakres od 0 do 8) były potencjalnie podlegające leczeniu zarówno terapiami zarejestowanymi jak i eksperymentalnymi. 59% pacjentów (257/439) miało chorobę przerzutową. W 70% przypadków (307/439) wykryte zmiany mogły być leczone terapiami celowanymi zarejestrowanymi: 20% (89/439) we wskazaniach w danym typie nowotworu i 67% (296/439) we wskazaniach innych niż dany typ nowotworu. Dla wszystkich pacjentów z przynajmniej 1 zmianą (90% ; 393/439) było dostępne leczenie w badaniach klinicznych.4

Obecnie, możliwości leczenia nowotworów o nieznanym miejscu wyjścia (CUP) są ograniczone. Z reguły, odpowiedź na leczenie tych chorych chemioterapią jest słaba.
Aby zidentyfikować potencjalnie klinicznie istotne zmiany genomowe 200 pacjentów z CUP poddano profilowaniu FoundationOne. 85 % pacjentów (169/200) miało przynajmniej 1 klinicznie istotną zmianę co mogło ułatwić podjęcie decyzji terapeutycznych. Dodatkowo, w badaniu zidentyfikowano 26 zmian genomowych związanych z terapiami celowanymi zarejestrowanymi we wskazaniu ze znanym miejscem powstania pierwotnego ogniska nowotworu.14
Profilowanie FoundationOne może mieć wpływ na podejmowanie decyzji terapetycznych
W kilku badaniach wykazano, że profilowanie genomowe FoundationOne ułatwia podejmowanie decyzji klinicznych i specyficzne podejście w planowaniu strategii leczenia.15-17

Prospektywne badanie przeprowadzone wśród chorych na zaawansowanego raka piersi wykazało, że u 41% pacjentów (34/83) na podstawie wyniku profilowania genomowego zarekomendowano zmianę terapii.15


W prospektywnym badaniu klinicznym z udziałem 100 pacjentów z różnymi, rzadkimi lub słabo prognozującymi nowotworami przeprowadzono profilowanie genomowe FoundationOne u 92 chorych. Dla 95 % pacjentów ( 87/92) zarekomendowano terapię lub udział w badaniach klinicznych.17
Dowody z badań klinicznych wspierające wykorzystanie profilowania genomowego FoundationOne
Trwają prace nad ustaleniem znaczenia technik profilowania genomowego w klinice leczenia chorób nowotworowych a tym samym życia chorych. Udowodniono, że podejmowanie decyzji terapeutycznych na podstawie profilowania genomowego z wykorzystaniem FoundationOne poprawia wyniki leczenia w porównaniu z wynikami leczenia terapiami niespersonalizowanymi i nie opartymi na celach molekularnych. 5,15-17
W badaniu z wykorzystaniem profilowania FoundationOne u 339 pacjentów z różnymi typami nowotworów wykazano, że 93,5% chorych miało przynajmniej 1 zmianę podlegającą leczeniu (317/339). Dokonując wyliczenia tzw. współczynnika dopasowania opartego o liczbę leków dopasowanych do odpowiednich zmian i liczbę zmian genomowych na pacjenta wykazano, że wyższy współczynnik dopasowania był powiązany z większą częstością stabilizacji choroby (22% vs. 9%; p=0.024), dłuższym czasem do niepowodzenia leczenia (HR=0.52; p=0.0003) i dłuższym przeżyciem (HR=0.65, p=0.05), w porównaniu do niższego współczynnika dopasowania. Potrzebne są dalsze badania aby ocenić współzależność tych czyników.18

W badaniu retrospektywnym z udziałem 347 pacjentów z zaawansowanymi nowotworami litymi, u których wykonano profilowanie FoundationOne wykazano, że chorzy, którzy otrzymywali terapię celowaną osiągnęli znacząco wyższe wskaźniki odpowedzi na leczenie (RR) i czasu wolnego od progresji (PFS) w porównaniu z pacjentami, którzy nie otrzymali leczenia celowanego.19


Te wyniki są zbieżne z wynikami z innych badań, które porównują wpływ terapii celowanych dopasowanych na podstawie profilowania FoundationOne w wielu różnych typach nowotworów:
Profilowanie FoundationOne wykonane u 44 pacjentów z przerzutowym rakiem piersi wykazało u 23 chorych klinicznie istotne zmiany genomowe. W konsekwencji 35 % pacjentów osiągnęło kliniczne korzyści z zainicjowanego leczenia celowanego.20
- Genomeweb. Foundation Medicine Q3 revenues up 45 percent. Available at: https://www.genomeweb.com/molecular-diagnostics/foundation-medicine-q3-revenues-45-percent [accessed November 2017].
- Blumenthal DT et al. J Neurooncol 2016; 1:211–219.
- Rodriguez-Rodriguez L et al. Gynecol Oncol 2016; 141:2–9.
- Schwaederle M et al. Mol Cancer Ther 2015; 14:1488–1494.
- Schwaederle M et al. J Clin Oncol 2015; 33:3817–3825.
- Schwaederle M et al. JAMA Oncol 2016; 2:1452–1459.
- Jardim DL et al. J Natl Cancer Inst 2015; 107:e253.
- National Comprehensive Cancer Network (NCCN) NSCLC guidelines, Version 9, 2017.
- Frampton, GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
- Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 16:3631–3639.
- Suh JH et al. Oncologist 2016; 21:684–691.
- FoundationOne technical information.
- Ross JS et al. Cancer 2016; 17:2654–2562.
- Ross JS et al. JAMA Oncol 2015; 1:40–49.
- Reinbolt RE et al. J Clin Oncol 2016; 34 (and supplementary material).
- Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
- Hirshfield KM et al. Oncologist 2016; 21:1315–1325.
- Wheler JJ et al. Cancer Res 2016; 76:3690–3701.
- Schwaederle M et al. Mol Cancer Ther 2016; 15:743–752.
- Yuan Y et al. Oncotarget 2017; 8:26414–26423.
- Dhir M et al. Cancer Med 2017; 1:195–206.