Jak FoundationOne może pomóc lekarzom w wyborze odpowiednich terapii lub badań klinicznych dla ich pacjentów, które potencjalnie mogą poprawić wyniki leczenia.
Opcje leczenia

FoundationOne® może pomóc lekarzom w wyborze najbardziej skutecznej terapii dla pacjentów.

Badanie FoundationOne zostało wykonane u ponad 150 000 pacjentów.1 Większość pacjentów (~90%) miała wykrytą przynajmniej 1 klinicznie istotną zmianę genomową.2-4 Liczne prace wskazują, że zastosowane terapii, dopasowanych do wykrytych zmian genomowych znacząco poprawia wyniki leczenia w porównaniu do leczenia niecelowanego, nie dobranego na podstawie biomarkerów.5-7

Kompleksowe profilowanie genomowe zyskuje coraz większe uznanie jako skuteczne badanie identyfikujące zarówno powszechne, często występujące, jak i rzadkie mutacje związane z powstaniem chorób nowotworowych, dzięki czemu mogą być zastosowane odpowiednio do nich dopasowane terapie celowane.8-10

Kompleksowe profilowanie genomowe takie jak FoundationOne może zidentyfikować zmiany genomowe we wszystkich genach wymienionych i zarekomendowanych przez National Comprehensive Cancer Network (NCCN).8  

Na przykład, 71% zmian genomowych zidentyfikowanych w próbkach niedrobnokomórkowego raku płuca (NSCLC) z wykorzystaniem badania FoundationOne było zmianami kierującymi wymienionymi z zaleceniach NCCN.11

Te zmiany mogłyby zostać niewykryte przez tradycyjne testy diagnostyczne i dlatego obecnie w diagnostyce i leczeniu niedrobnokomórkowego raka płuca (NSCLC)  kompleksowe profilowanie molekularne jest szczególnie rekomendowane  przez zalecenia NCCN.11

,,Panel NCCN mocno doradza kompleksowe profilowanie molekularne (określane także jako medycyna precyzyjna) do identyfikowania rzadkich mutacji, aby upewnić się, że pacjenci otrzymują najbardziej właściwe leczenie’’ 8 

Zalecenia NSCLC dla NSCLC Wersja 9, 2017
Poprawa wyników

Strategie leczenia oparte na biomarkerach molekularnych wiążą się z poprawą wyników leczenia

W wielu meta-analizach wyniki terapii dopasowanych na podstawie biomarkerów molekularnych pokazują znaczącą poprawę w zakresie odsteka odpowiedzi (response rate, RR), czasu wolnego od progresji (progression free survival, PFS) i przeżycia całkowitego (overall survival, OS) w porównaniu do terapii niedopasowanych na podstawie biomarkerów molekularnych.5-7
Zastosowanie spersonalizowanej strategii leczenia opartej na biomarkerach molekularnych zostało również uznane za niezależny czynnik predykcyjny osiągnięcia lepszych wyników leczenia i zmniejszający śmiertelność z powodu toksyczności w porównaniu z rutynowym, niespersonalizowanym podejściem do terapii.5

Zastosowanie terapii celowanych poprawia wyniki leczenia 5-7
Przesuń
Istotne klinicznie zmiany genomowe

FoundationOne może wykryć klinicznie istotne zmiany genomowe u większości pacjentów w wielu nowotworach

Profilowanie genomowe FoundationOne może stworzyć nowe możliwości leczenia pacjentów dzięki identyfikacji klinicznie istotnych zmian genomowych w tkance nowotworowej. Wykorzystując technikę hybrid capture w sekwencjonowaniu nowej generacji (next generation sequencing, NGS) profilowanie FoundationOne analizuje całe egzomy (regiony kodujące DNA) w 315 genach związanych z powstawaniem i rozwojem nowotworów co oznacza, że nawet rzadkie mutacje mogą zostać wykryte.9,12

W badaniu obejmującym 31 pacjentów z rakiem gruczołowym płuca udowodniono, że profilowanie genomowe FoundationOne jest bardziej kompleksową i skuteczną strategią diagnostyczną w porównaniu do metod diagnostycznymi nie będących NGS.10


Poprawa wykrywalności zmian została również potwierdzona w badaniu obejmującym 5 605 przypadków zaawansowanego i przerzutowego raka piersi. Wykorzystano FoundationOne aby ocenić częstość występowania zmian genomowych w genie ERBB2 związanym z powstaniem raka piersi. Wykryto, że 12,5% pacjentów (698/5 605) posiada zmiany w obrębie genu ERBB2, przy czym 1,8 % pacjentów posiada taki typ zmian genomowych, które mogą być niewykryte przez standardowe metody diagnostyczne.13

Do większości zmian genomowych wykrytych przez FoundationOne można dopasować terapie: zarówno zarejestrowane jak i eksperymentalne w badaniach klinicznych. 

W retrospektywnej analizie u każdego z 439 pcjentów, u którego wykonano profilowanie tkanki nowotworowej FoundationOne zidentyfikowano przynajmniej 1 zmianę genomową podlegającą postępowaniu terapeutycznemu. Średnia liczba zmian przypadająca na pacjenta wynosiła 3 (zakres od 0 do 16) przy czym średnio 2 zmiany (zakres od 0 do 8) były potencjalnie  podlegające leczeniu zarówno terapiami zarejestowanymi jak i eksperymentalnymi.  59% pacjentów (257/439) miało chorobę przerzutową. W 70% przypadków (307/439) wykryte zmiany mogły być leczone terapiami celowanymi zarejestrowanymi: 20% (89/439) we wskazaniach w danym typie nowotworu i 67% (296/439) we wskazaniach innych niż dany typ nowotworu. Dla wszystkich pacjentów z przynajmniej 1 zmianą (90% ; 393/439) było dostępne leczenie w badaniach klinicznych.4

 

FoundationOne może zidentyfikować klinicznie istotne zmiany genomowe dostraczając wiedzy dla pacjentów z ograniczonymi możliwościami leczenia z powodu nieznanego miejsca pochodzenia nowotworu (cancers of unknown primary origin, CUP).

Obecnie, możliwości leczenia nowotworów o nieznanym miejscu wyjścia (CUP) są ograniczone. Z reguły, odpowiedź na leczenie tych chorych chemioterapią jest słaba.

Aby zidentyfikować potencjalnie klinicznie istotne zmiany genomowe 200 pacjentów z CUP poddano profilowaniu FoundationOne. 85 % pacjentów (169/200) miało przynajmniej 1 klinicznie istotną zmianę co mogło ułatwić podjęcie decyzji terapeutycznych. Dodatkowo, w badaniu zidentyfikowano 26 zmian genomowych związanych z terapiami celowanymi zarejestrowanymi we wskazaniu ze znanym miejscem powstania pierwotnego ogniska nowotworu.14

Wpływ na podejmowanie decyzji

Profilowanie FoundationOne może mieć wpływ na podejmowanie decyzji terapetycznych

W kilku badaniach wykazano, że profilowanie genomowe FoundationOne ułatwia podejmowanie decyzji klinicznych i specyficzne podejście w planowaniu strategii leczenia.15-17

 

RAK PIERSI

Prospektywne badanie przeprowadzone wśród chorych na zaawansowanego raka piersi wykazało, że u 41% pacjentów (34/83) na podstawie wyniku profilowania genomowego zarekomendowano zmianę terapii.15

 

RAK PŁUCA
Prospektywne badanie obejmujące 101 pacjentów chorych na zaawansowanego raka płuca wykazało, że u 44% (34/77) pacjentów, u których wykonano profilowanie FoundationOne zmieniono leczenie na podstawie wyniku profilowania.16
NOWOTWORY RZADKIE

W prospektywnym badaniu klinicznym z udziałem 100 pacjentów z różnymi, rzadkimi lub słabo prognozującymi nowotworami przeprowadzono profilowanie genomowe FoundationOne u 92 chorych. Dla 95 % pacjentów ( 87/92) zarekomendowano terapię lub udział w badaniach klinicznych.17

 

Dowody kliniczne

Dowody z badań klinicznych wspierające wykorzystanie profilowania genomowego FoundationOne

Trwają prace nad ustaleniem znaczenia technik profilowania genomowego w klinice leczenia chorób nowotworowych a tym samym życia chorych. Udowodniono, że podejmowanie decyzji terapeutycznych na podstawie profilowania genomowego z wykorzystaniem FoundationOne poprawia wyniki leczenia w porównaniu z wynikami leczenia terapiami niespersonalizowanymi i nie opartymi na celach molekularnych. 5,15-17

 

Spersonalizowane podejście do terapii z wykorzystaniem FoundationOne oferuje pacjentom więcej możliwości leczenia potencjalnie poprawiając wyniki w porównaniu z tradycyjnym podejściem do terapii.

W badaniu z wykorzystaniem profilowania FoundationOne u 339 pacjentów z różnymi typami nowotworów wykazano, że 93,5% chorych miało przynajmniej 1 zmianę podlegającą leczeniu (317/339). Dokonując wyliczenia tzw. współczynnika dopasowania opartego o liczbę leków dopasowanych do odpowiednich zmian i liczbę zmian genomowych na pacjenta wykazano, że wyższy współczynnik dopasowania był powiązany z większą częstością stabilizacji choroby (22% vs. 9%; p=0.024), dłuższym czasem do niepowodzenia leczenia (HR=0.52; p=0.0003) i dłuższym przeżyciem (HR=0.65, p=0.05), w porównaniu do niższego współczynnika dopasowania. Potrzebne są dalsze badania aby ocenić współzależność tych czyników.18

 

 

Terapie celowane dopasowane na podstawie FoundationOne mogą poprawić przeżycie wolne od progresji w porównaniu z terapiami niecelowanymi.

W badaniu retrospektywnym z udziałem 347 pacjentów z zaawansowanymi nowotworami litymi, u których wykonano profilowanie FoundationOne wykazano, że chorzy, którzy otrzymywali terapię celowaną osiągnęli znacząco wyższe wskaźniki odpowedzi na leczenie (RR) i czasu wolnego od progresji (PFS) w porównaniu z pacjentami, którzy nie otrzymali leczenia celowanego.19

 

Te wyniki są zbieżne z wynikami z innych badań, które porównują wpływ terapii celowanych dopasowanych na podstawie profilowania FoundationOne w wielu różnych typach nowotworów:

 

Zaawansowany rak płuca
W badaniu w zaawansowanym raku płuca wykazano, że u 44.2 % (34/77) pacjentów, u których zmieniono terapię na podstawie profilowania FoundationOne całkowity współczynik odpowiedzi (ORR) dla ich nowych, dopasowanych terapii wynosił ponad  51,5% (1 pacjent został wykluczony z kalkulacji ORR).16
Rozsiany rak piersi

Profilowanie FoundationOne wykonane u 44 pacjentów z przerzutowym rakiem piersi wykazało u 23 chorych klinicznie istotne zmiany genomowe. W konsekwencji 35 % pacjentów osiągnęło kliniczne korzyści z zainicjowanego leczenia celowanego.20

 

Zaawansowany rak przewodu pokarmowego
Terapia celowana została zastosowana u 13,7% (13/95) pacjentów z zaawansowanym nowotworem przewodu pokarmowego na podstawie profilowania FoundationOne. Ponad 50 % (7/13) pacjentów odniosło korzyść kliniczną.21
Nowotwory narządów kobiecych
Spośród  64 pacjentek z rzadkimi lub nawrotowymi nowotworami ginekologicznymi, które miały wykonane profilowanie FoundationOne 25 otrzymało terapię celowaną na podstawie wyniku profilowania. 64% (16/25) pacjentek uzyskało odpowiedź na leczenie, stabilizację choroby lub inne kliniczne korzyści.

Powyższe badania wykazują potencjał kompleksowego profilowania genomowego w różnych typach guzów litych. Obecnie trwa wiele prac aby zwalidować powyższe dane. Nowe badania i dalsza analiza już istniejących danych umożliwia nam ciągłe udoskonalanie wiedzy o korzyściach klinicznych terapii wybranych na podstawie wyników profilowania genomowego.
Referencje
  1. Genomeweb. Foundation Medicine Q3 revenues up 45 percent. Available at: https://www.genomeweb.com/molecular-diagnostics/foundation-medicine-q3-revenues-45-percent [accessed November 2017].
  2. Blumenthal DT et al. J Neurooncol 2016; 1:211–219.
  3. Rodriguez-Rodriguez L et al. Gynecol Oncol 2016; 141:2–9.
  4. Schwaederle M et al. Mol Cancer Ther 2015; 14:1488–1494.
  5. Schwaederle M et al. J Clin Oncol 2015; 33:3817–3825.
  6. Schwaederle M et al. JAMA Oncol 2016; 2:1452–1459.
  7. Jardim DL et al. J Natl Cancer Inst 2015; 107:e253.
  8. National Comprehensive Cancer Network (NCCN) NSCLC guidelines, Version 9, 2017.
  9. Frampton, GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
  10. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 16:3631–3639.
  11. Suh JH et al. Oncologist 2016; 21:684–691.
  12. FoundationOne technical information.
  13. Ross JS et al. Cancer 2016; 17:2654–2562.
  14. Ross JS et al. JAMA Oncol 2015; 1:40–49.
  15. Reinbolt RE et al. J Clin Oncol 2016; 34 (and supplementary material).
  16. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
  17. Hirshfield KM et al. Oncologist 2016; 21:1315–1325.
  18. Wheler JJ et al. Cancer Res 2016; 76:3690–3701.
  19. Schwaederle M et al. Mol Cancer Ther 2016; 15:743–752.
  20. Yuan Y et al. Oncotarget 2017; 8:26414–26423.
  21. Dhir M et al. Cancer Med 2017; 1:195–206.