Co to jest FoundationOne?

Dowiedz się w jaki sposób FoundationOne wykrywa zmiany genomowe w 315 genach i w 28 wybranych intronach związanych z powstaniem i rozwojem nowotworów.1
Wykrywanie biomarkerów

FoundationOne maksymalizuje wykrycie biomarkerów związanych z potencjalnie skutecznymi terapiamii

FoundationOne może pomóc w zwiększeniu opcji terapeutycznych dzięki wykrywaniu zmian genomowych obecnych w 315 genach i wybranych 28 intronach związanych z powstaniem i rozwojem nowotworów w 4 klasach zmian genomowych.1 FoundationOne dodatkowo wskazuje biomarkery: niestabilność mikrosatelitarną (microsatellite instability, MSI) i gęstość mutacji (tumour mutational burden, TMB), które są związane z prognozowaniem skuteczności immunoterapii.2,3

FoundationOne może wykryć 4 klasy zmian genomowych oraz biomarkery związane z odpowiedzią na immunoterapię.2-4

 

Które geny badane są przez FoundationOne®? Które geny badane są przez FoundationOne®?
aaa

Które geny badane są przez FoundationOne®?

Wyższa dokładność

FoundationOne jest liderem w klinicznym profilowaniu genomowym, wykrywając więcej zmian niż inne metody diagnostyczne 5-8

W porównaniu z wieloma innymi technikami diagnostycznymi takimi jak fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH) i immunohistochemia (IHC), FoundationOne oferuje poprawę poziomu wykrywalności zmian ponieważ wykorzystuje sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) oparte na technice Hybrid Capture sekwencjonując cały region kodujący setek genów związanych z powstawaniem i rozwojem nowotworów. Wykonując jednolite, wysokie pokrycie wszystkich sekwencjonowanych genów, umożliwia wykrycie powszechnie występujących oraz rzadkich zmian genomowych z wysoką czułością.5-8 Technika ta pozwala zidentyfikować powszechnie występujące oraz rzadkie mutacje.Serwis zapenia krótki czas wykonania badania, co daje lekarzom szansę na podjęcie szybkich decyzji. Profilowanie genomowe FoundationOne jest wsparte przez jedną z najbardziej kompleksowych na świecie baz profili genomowych oraz przez światowych ekspertów w tej dziedzinie. 

FoundationOne może rozszerzyć diagnostykę i opcje leczenia pacjentów dzięki identyfikacji istotnych zmian genomowych, które w standardowej opiece onkologicznej mogą być pominięte. 6-11
Tradycyjne metody diagnostycze takie jak IHC ciągle odgrywają ważną rolę w diagnostyce niektórych typów nowotworów, kiedy pojedynczy biomarker jest wymagany aby potwierdzić lub wykluczyć obecność specyficznej zmiany związanej ze skutecznym leczeniem zarejestrowaną terapią. Kompleksowe profilowanie genomowe oferuje możliwość wykrycia od razu wielu biomarkerów i zmian genomowych bez potrzeby wcześniejszego określenia konkretnego celu diagnostycznego. Profilowanie jest szczególnie wartościowe w przypadkach, kiedy jest mniej jasne jakich zmian genomowych spodziewamy się po badaniu.6-11
FoundationOne może zidentyfikować zmiany genomowe w różnych typach nowotworów.4

FoundationOne zapewnia kompleksowe profilowanie genomowe, dlatego nie ma potrzeby wcześniejszego określenia zmian jakie powinny być zbadane. Wykazano, że większość potencjalnie istotnych klinicznie zmian może zostać przeoczonych w tradycyjnych metodach diagnostycznych, które wykrywają tylko zmiany określone wcześniej, znane przez zlecających badanie lekarzy.6-11

W badaniu około 7300 próbek guzów litych badano potencjalnie korzyści terapii dla zmiany onkogennej ERBB2 (znanej także jako HER2) powszechnie występującej w nowotworach piersi, żołądka i połaczenia przełykowo-żołądkowego. Zmiany w obrębie ERBB2 wykryto w 27 różnych typach nowotworów. Amplifikacje w obrębie ERBB2 wykryte w nowotworach połączenia przełykowo-żołądkowego, piersi i żołądka występowały tylko w 30% przypadków wszystkich zmian genomowych wykrytych w obrębie ERBB2.7

Kompleksowe profilowanie nowej generacji oparte na technice hybrid capture wykrywa substytucje zasad, rearanżacje, insercje/delecje i amplifikacje we wszystkich typach badanych nowotworów. Wyniki badania wskazują, że w porównaniu do obecnie stosowanych standardowych technik diagnostycznych kompleksowe profilowanie genomowe może bardziej dokładnie zidentyfikować pacjentów, którzy mogą odnieść korzyść z ERBB2- celowanych terapii.**7

Pacjenci, u których kliniczne zmiany genomowe mogą być wykryte przy pomocy kompleksowego profilowania genomowego7*
Przesuń
FoundationOne® jest kompleksowym profilowaniem genomowym, które może zidentyfikować więcej zmian w porównaniu do NGS hotspot.4,17,18
Analiza NGS hotspot (oparta na amplikonach) sekwencjonuje tylko wybrane regiony lub klastery genów związanych z powstawaniem nowotworów. Pomimo, że jest bardziej kompleksowa niż fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH) lub łańcuchowa reakcja polimerazy z wykorzystaniem odwrotnej transkryptazy (RT-PCR) umożliwia ograniczoną analizę. Oszacowano, że bez dodatkowego badania FISH samo badanie  hotspot może pominąć do 50% klinicznie istotnych zmian rekomendowanych do zbadania przez Zalecenia NCCN.17 Dodatkowo wykazano, że testy hotspot zwykle wykrywają substytucje zasad z wysoką czułością ale mogą wykryć tylko małe fragmenty insercji lub delecji z niską czułością.18 Dlatego wiele zmian może ciągle pozostać niewykrytych podczas NGS hotspot w porównaniu do FoundationOne, które oferuje kompleksowe profilowanie (hybrid capture) >99% kodujących sekwencji wielu genów związanych z powstaniem i rozwojem nowotworów.4

Testy hotspot nie identyfikują tak wielu zmian genomowych jak kompleksowe profilowanie genomowe4,17,18

 

Przesuń

__

Większy stopień wykrycia zmian genomowych przez FoundationOne w porównaniu do testów NGS hotspot jest wykazany w kilku badaniach:

 

PAJENTÓW Z NIEDROBNOKOMÓRKOWYM RAKIEM PŁUCA (NSCLC)

17% (12/71) pacjentów, którzy uzyskali ujemny wynik w badaniu NGS hotspot uzyskało pozytywny wynik delecji w 19 egzonie  EGFR po badaniu FoundationOne.5

 

PRZYPADKÓW NIEDROBNOKOMÓRKOWEGO RAKA PŁUCA

Bez dodatkowego badania FISH badanie hotspot może pominąć do 50% zmian podlegających leczeniu, których zbadanie jest rekomendowane przez Zalecenia NCCN. 17

 

PRZYPADKÓW RAKA JELITA GRUBEGO

88% zmian predykcyjnych KRAS poza regionem kodującym 12/13 zostało przeoczonych przez wcześniejsze badanie hotspot.19

 

Referencje
  1. FoundationOne technical information.
  2. Chalmers ZR et al. Genome Med 2017; 9:34.
  3. Castro MP et al. J. Immunother 2015; 3:58.
  4. Frampton, GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
  5. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2016; 13:3281–3285.
  6. Ali SM et al. Oncologist 2016; 6:762–670.
  7. Chmielecki J et al. Oncologist 2015; 20:7–12.
  8. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
  9. Chen AY-Y and Chen A. J Invest Dermatol 2013; 133:e8.
  10. Bridge JA. J Orthop Sci 2008; 13:273–282.
  11. Angulo B et al. PLoS One 2012; 8:e43842.
  12. Bishop R. Bioscience Horizons 2010; 1:85–95.
  13. Hu L et al. Biomark Res 2014; 2:3.
  14. Lin F and Prichard J (eds). Handbook of Practical Immunohistochemistry 2015. Frequently Asked Questions, 2nd edition. Springer Science+Business Media 2015.
  15. Pekar-Zlotin M et al. The Oncologist 2015; 20:316–322.
  16. Leong T Y-M et al. Adv Anat Pathol 2010; 17:404–418.
  17. Suh JH et al. The Oncologist 2016; 21:684–691.
  18. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 21:3631–3639.
  19. Rankin A et al. The Oncologist 2016; 11:1306–1314.